Prestasi Kompetisi Perserikatan
* 1980 Peringkat ke-2 Kompetisi Perserikatan Komda DIY
* 1990/1991 Peringkat ke-6 Divisi IIA Jateng DIY
* 1993/1994 8 Besar Divisi II Nasional (Juara Divisi II DIY)
Prestasi Liga Indonesia
* 1994/1995 16 Besar Divisi II Nasional
* 1995/1996 Promosi ke Divisi I (Playoff 4 Kecil)
* 1996/1997 Sepuluh besar Divisi I (Peringkat ke-3 Grup A)
* 1997/1998 Kompetisi dihentikan
* 1998/1999 Divisi I Peringkat ke-4 Grup II
* 1999/2000 Divisi I Peringkat ke-2 (Promosi)
* 2001 Divisi Utama Peringkat ke-10 Grup Timur
* 2002 Divisi Utama Peringkat ke-7 Grup Timur
* 2003 Divisi Utama Peringkat ke-4
* 2004 Divisi Utama Peringkat ke-4
* 2005 Divisi Utama Peringkat ke-7 Wilayah I
* 2006 Divisi Utama - PSS tidak melanjutkan kompetisi karena adanya bencana gempa bumi di yogyakarta dan sekitarnya
* 2007/2008 Divisi Utama Peringkat ke-13 Wilayah I
* 2008/2009 Divisi Utama Peringkat ke-8 Wilayah Timur
* 2009/2010 Divisi Utama Peringkat ke-10 Grup 3
Prestasi Non Liga Indonesia
* 2001 Peringkat ke-3 Piala Suratin U-18
* 2002 Peringkat ke-4 Piala Suratin U-18
* 2005 Semifinalis Copa Indonesia
